（二）基本原则
1、突出污染防治，完善基础设施
当前我国农村地区最为突出的环境问题仍然是日益严重的环境污染问题，“行动计划”紧紧围绕农村环境污染防治这一重点任务，优先解决农村地区突出的生活垃圾污染、水环境污染、土壤污染、畜禽养殖污染、工业企业污染等问题。针对农村环境保护工作基础薄弱的现实，从加大资金投入、政策引导等方面，重点保障农村地区开展污染防治必需的生活污水处理、生活垃圾收集－运输、养殖废弃物处理与利用、饮用水源保护等基础设施建设。
2、明确目标任务，分步落实措施
按照全面建设小康社会的总体目标要求，统筹规划小康社会建设过程中的农村环境保护工作，确定2006年至2020年农村环境保护的总体目标与重点任务。同时，根据各时期的经济发展水平，确定各阶段的分段目标和任务，把农村环境污染防治与促进农村经济发展有机结合，根据所面临问题的轻重缓急程度，优先解决影响面大、矛盾突出的问题，分步实施，扎实推进。
3、坚持因地制宜，分类分区指导
我国地域辽阔，东、中、西部农村地区生态环境状况、社会经济发展水平和面临的主要环境问题各不相同，因此，必须从各地实际出发，因地制宜，采取相应的对策和措施。在经济发达地区，要加大治污力度，实行环境优先战略，巩固农村环境污染治理成果，加大农村生态示范创建力度；在经济欠发达地区，应加大投入，重点加强农村环保基础设施与环保能力建设。
4、坚持全面推进，实现重点突破
在全面加强农村环境污染防治的同时，应抓住重点、分清主次，优先治理工业企业污染，保护农村饮用水源地，加强村庄生活污水处理和生活垃圾收集清运，积极防治畜禽养殖污染和土壤污染，强化农村环境基础设施建设。进一步抓好试点示范，以点带面、点面结合，全面推进“行动计划”的实施。
5、坚持政府主导，鼓励公众参与
各级政府要加大公共财政对农村环保的支持力度，制定有利于农村环保工作的相关政策，引导公众积极参与“行动计划”的实施，充分运用法律、行政、经济等手段，建立激励机制，利用广播、电视等新闻媒体，大力开展农村环保知识宣传活动，推进“千乡万村环保科普行动计划”，鼓励“环保下乡”，调动社会各方面的积极性，全面落实“行动计划”。
6、坚持科技先行，多方筹措资金
要针对农村地区实际情况，重点开发低成本、高效实用的环保新技术，建立保障“行动计划”实施的技术支撑体系，在充分吸收与借鉴国际农村环境保护经验与成功模式的基础上，加强科技自主创新研究。充分发挥市场的调节作用，积极引导社会资金投入农村环境保护领域。
