更大的难题在于排污权初始分配的公平如何保障。如果由政府统一掌控排污权的初始分配，如何确定定价的公平性？会不会导致政府有关部门操纵初始分配权牟取部门利益？排污企业与掌握着排污许可证发放权的环保监管部门之间如果发生权力寻租怎么办？如何防止强势利益集团多占多要？国家环保总局副局长潘岳甚至担心，地方政府为了当地GDP的发展与其他利益，会允许一个只有1000吨二氧化硫排污权的企业排放2000吨，然后再报给你数据说只排了900吨。而且，在中国重化工业迅猛发展的情况下，即使企业有了多余的排污权，恐怕他们也不会拿到市场上去卖，而是干脆自己再上点项目把多余的份额用足，这样收益也许更大。这就可能使排污权交易失去应有的意义。
排污权交易还面临着一个更大的难题，即监测问题。据国家环保总局官员透露，我国缺乏全国垂直统一的监测网络，不可能对全国参加排污权交易的企业实施全天候的监督，也就不可能以真实数据为基础进行真正规范。在各自为政的环境监测体制下，排污权交易就可能变得有名无实。
排污权交易事关环保制度的一次重大革新，应该首先完成各个方面的准备工作，在此基础上建立起来的排污权交易制度才能调动起污染者治污的积极性，逐步减少环境污染，真正产生积极效果。
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