水环境治理是个系统工程，而不仅仅是具体水体的问题，“就水论水”会给治水理念和实施手段上产生障碍，达不到应有的治理效果。 

       崔广柏教授说，太湖流域是我国经济发达、人口稠密的地区之一，随着经济迅猛发展及人口不断增加，排放的污染物也在增多。近几年来，政府投入了大量的财力，设立了无数的研究项目，但是从总体形势来看，太湖的富营养化问题还没有得到彻底解决，原因是在太湖富营养化治理上还存在一些误区。  

       没有从根本上进行太湖富营养化产生机理的研究，投入效益不明显。太湖富营养化问题主要不是在湖体，而应拓展到流域面上进行产污机理的研究，找出产生太湖富营养化的根本原因，才能有效地控制富营养化。而近几年的研究重点并不在此，均在终结的湖体。 可以发现几乎全集中在太湖水体上，包括在湖中种草，沿岸进行生态工程建设，投放必要的鱼类等等。这给整个太湖富营养化问题的解决设立了一个误区，以为只要在水中做文章就可以解决太湖水的问题，其结果是适得其反，没有从根本上解决治理太湖富营养化的思路问题，不但理论研究成果得不到实施的支持，同时太湖水质也没有得到较大幅度的提升。  

       在治理太湖富营养化问题的过程中还没有充分调动地方的积极性。太湖流域是一个经济高速发展的地区。水环境的优劣会直接影响区域经济的发展，各级政府已充分认识到这一点，也愿意投入大量资金进行区域内的水环境治理。但是大家并不了解整个太湖富营养化治理的整体方案，因此产生各自为政的治理行为，对太湖治理的贡献达不到预想的效果。这就告诫我们，在太湖治理上不仅仅要发挥上级主管部门的主导作用，同时要充分调动各级政府，甚至是最基层组织的积极性。这样不仅在财力上可以减轻国家的负担，而且使治理得到基层的分担，增强了治理方案的可操作性。

    水是跨行政区域流动的，无论从治水还是治污来看，必须在全流域范围内进行区域协调，这是当今解决水问题的根本所在。崔广柏提出了对太湖富营养化进行治理的工作思路，要充分认识到太湖富营养化治理的多学科性和多部门特征，太湖富营养化问题不是一个学科、几个研究院、几所大学，也不是任何一个部门所能解决的问题，它是一个系统工程。国家在研究开发项目设置过程中必须充分发挥各个学科的科技力量，包括基层单位的科技力量，联合所有涉水部门，在大框架下有序地进行研究和实施。