（一）在面源污染防治方面：鼓励经济适用的湖库面源治理技术研究与应用、农村与农业面源污染控制技术研究与示范、适合农村经济发展水平的农村村落污水处理技术研究及运用、禽畜养殖场的清洁生产与技术示范；鼓励进行垃圾收集、贮存、运输系统的研究和应用。

　　（二）在内源污染防治方面：鼓励底泥环保疏浚技术的研究和疏浚关键设备的研制，鼓励湖泊底泥资源开发利用研究。

　　（三）在水生生态恢复方面：鼓励水生生物资源恢复与利用技术的研究与应用，应开发针对不同地区、类型、功能湖库的水生生物资源技术及相关装置。

　　（四）鼓励水华爆发应急处理技术及装置的研究、生物除藻技术的研究与应用。

　　（五）鼓励湖库富营养化机理、污染治理效果评价、湖库信息管理系统的研究。

　　（六）鼓励针对退耕还湖（林、草）、休耕（养、捕）等开展农业生态保护补偿政策研究。