在重点综合性示范课题的实施中，课题的实施需要以环境责任的承担者作为课题的组织者和服务对象，让责任主体成为课题的承担主体。紧密围绕国务院制定的水环境目标，研究单位对组织实施的各级政府负责，由政府对课题的环境目标负责。使政府、产业界、科技界通过课题实施纽带形成科技服务社会的整体。这样将便于考核，注重实效。从各个责任主体所面临的技术问题出发，组织确定研究内容，而不是从具体承担研究任务的科技单位确定研究内容。

   项目的课题实施总体上分为四大类：

   第一类是服务于国家战略目标与管理层次的内容，重点是建立国家级的检测平台、绩效平台、技术标准体系和信息系统的建设。由行业主管部门提出具体需求并组织实施，科研承担单位对政府主管部门负责；政府主管部门对项目领导小组负责。

   第二类是服务于地方综合示范区的城市人民政府，以地方政府的申报为基础，选择代表性的区域进行示范，针对水环境保护、水生态修复、用水安全、污水处理等关键问题提出综合解决方案。结合地方环境目标的实现，由地方政府提出具体需求并组织实施。地方政府作为第一负责单位，科技单位对地方示范政府负责；地方政府对项目领导小组负责。

   第三类是服务于市场化、产业化的企业主体，由提供环境服务的主业企业提出需求，组织产业不同环节的企业共同实施，考核目标的核心是服务效率的提高。可以尝试“基于产出”的科技后期补贴方式，研究的成果不是开发出产品，而要获得市场，形成产业，如果完成了任务则给予扶持，否则国家不予支持。

   第四类是服务于国家的技术储备，是立足与科技领先的基础性研究，需要在制约行业的重大技术领域获得突破。这类项目需要以科技先进性作为考核。鉴于从“七五”到“十五”四个五年科技计划几乎都是围绕这一核心，因此，这一类是项目的主要内容但不是重点。