北京市水务部门从源头治理抓起，构筑“生态修复、生态治理、生态保护”三道防线，确保首都供水安全。

三道防线首先要做的就是“生态修复”。三年来，在人口相对稀少的山高陡坡地区，北京水务部门通过引导和扶持2万多农民搬迁，依靠大自然的自我修复能力，营造适宜的水保林、经济林，恢复生态、涵养水源。

第二道防线则是对流域内农村进行治理。在人口相对密集的丘陵浅山区域，北京水务部门为村庄建设污水收集管线和污水处理设施，把再生水回用于灌溉、冲厕，还于河道。三年来，水源区已有三分之一的村庄完成了污水治理和农厕改造；垃圾收集设施和封闭式垃圾箱的设立，基本实现垃圾集中收集处理；农业种植结构也因此有所调整，减少了化肥农药的施用量。

而作为第三道防线的生态保护，则是对流域内的水源、河道进行生态保护性治理，根治污水入河。通过拆除违章建筑、进行封河育草，将禁沙、降尘与生态治理相结合，将雨洪利用、涵养水源与安全防洪相结合，使北京的翠湖、野鸭湖、汉石桥、清河口等一批湿地形成了良好的生态系统。

拿蓄存着首都生命之水的密云水库来说，几年来撤销了水库内的53亩网箱养鱼，拆除了库区内1.1万平方米的经营用房，一级保护区内的8家社会单位全面杜绝污水排放，3万亩库滨和上游10万亩水稻实现了退耕还草和退耕还林，监测水质的站点也由最初的15个增加到现在的41个，同时还成立了73人的水政监察队伍，与密云县公安、工商、环保等部门开展联合执法，制止各种水事违规行为。

目前，尽管北京连续八年的干旱使密云水库上游来水减少，2004年水库蓄水一度减到6.5亿立方米，但是水务部门采取的一系列行之有效的措施，加之实施地表水联合调度，在保证正常供水的情况下，水库蓄水回升。2006年蓄水量达到11亿立方米。如今蓄水量仍在10亿立方米以上，水质始终保持在二类标准，为优质的饮用水。