在本次公布的巢湖流域规划中针对藻类危机特别作出指示：要求制定巢湖水华(如蓝藻、绿藻、硅藻等)应急处理预案，制定应急控源、应急除藻、信息公告等综合对策预案。
规划中还要求形成饮用水源的污染来源预警、水质安全应急处理和水厂应急处理三位一体的饮用水源应急保障体系。到2008年年底之前，巢湖等湖库型饮用水水源地将分别确定一级、二级保护区边界，并设置明确的界限标志。
