杭州市旅委的赵弘中处长认为，各地经济发展的不平衡也导致各地在发展旅游上的认识不统一，再加上运河水质不太好、运河旅游知名度还不太高、各地资源不全面等问题的存在，运河旅游资源的整合难度还很大。
不过有专家认为，旅游资源的整合其实并不难，关键是旅游市场的地方保护必须打破。长期以来，旅游行业形成了属地管理的传统，本地的旅游资源必须由本地的旅行社来经营，跨地区的经营则必须有当地旅行社的配合。这种属地管理的方式很大程度上限制了旅游业更深层次的联合协作。而对于运河旅游来说，如果把它作为一个整体，离不开沿线各省市之间的合作，因此运河旅游能否发挥最大的潜力在于沿线省市能不能打破地方保护，真正联合起来，共同打造一条完整的旅游线路。
除此之外，还面临一些具体的困难。一是航道问题。运河航道等级不一，有二级航道，也有四级甚至五级航道，这种复杂的条件决定了运河游船不能太大，但是太小又不能满足效益最大化的要求，因此航道的制约必须加以解决。二是航行时间。运河上常年运行着十几万条船，繁忙的航运决定了船行速度不能太快。而且整个大运河有十三道船闸，一般过闸时间为45分钟，如遇堵航则很难保证及时通过。因此，能不能保证游客在10天之内走完全程，每个人心里还都没有把握，而时间太长则会将许多游客阻挡在外。
走向协调的京杭之旅
“给我十天，还你千年”，一个足以让热爱历史的人心潮澎湃的口号。尽管这还只是一个美好的设想，但目前一些城市已经在积极打造旅游需要的各种必备要素，悄然为未来的京杭大运河之旅做着充分的准备。 | 
