甘南藏族自治州地处青藏高原与黄土高原的过渡地带，拥有大面积的草地、森林和湿地生态系统，是黄河、长江上游的一道重要生态屏障，对黄河中下游广大地区的生态安全具有举足轻重的影响。据统计，黄河甘南段全长433公里，径流入量38．9亿立方米，径流出量147亿立方米，径流量增加了108．1亿立方米，这个补给量占到黄河源区总径流量的58．7％。

近年来，甘南的生态环境正日趋恶化，主要体现在五个方面：

首先，草场严重退化，产草量大幅下降。目前，甘南90％以上的天然草地出现不同程度的退化，重度退化面积更高达77．9％，55％以上的草场成为裸地。这对黄河源头的水土保持产生了不可忽视的负面影响。其次，湿地面积锐减，“黄河之肾”日渐衰竭。根据调查，上世纪80年代的42．7万余公顷甘南湿地，现在仅剩12．7万公顷。湿地干涸地区，原来的水草滩已经变成了植被稀疏的半干滩甚至是难以恢复的“黑土滩”，在2004年还发生过“湿地着火”事件。第三，水源涵养力降低，黄河补水量剧减。在玛曲县境内，流经的28条黄河支流已有11条干涸，还有不少成为季节性河流，数百个湖泊水位明显下降。碌曲县的尕海湖素有“高原水塔”之称，近年来却连创枯水历史的最高记录，甚至有4次干涸见底。第四，植被覆盖度大幅下降，生物多样性逐渐减少。甘南草原的植被覆盖度曾达到85％－100％，种饱和度为29．1种／平方米。但目前，重度退化的草地植被覆盖度已经小于45％，种饱和度仅为8．7种／平方米，约有75种植物物种已濒临灭绝。第五，水土流失加剧，威胁群众的生产生活。一方面，地表水径流减少，有些居民点甚至陷入“守着源头没水喝”的尴尬境地。另一方面，由于植被减少、水土流失加剧，洪涝、干旱和泥石流等自然灾害频发，在甘南传统的畜牧业生产方式下，逐步形成“人口增加→生活困难→扩大养畜量→草场退化→生活更困难→再扩大养畜量→草场进一步退化”的恶性循环。