除了来源于工业排放的无机污染之外，由于地理地质原因，导致某些地区水源中个别元素过多(或过少)，也可能引发区域性疾病。在中国，较严重的是饮水型氟中毒和饮水型砷中毒。

每升水中氟化物超过1毫克就有可能使儿童、青少年的牙齿出现色斑的人数超过30%。这种牙齿除影响美观外，牙齿本身容易碎裂，往往刚到中年牙就掉了。如果饮用水中氟化物的浓度更高，会严重影响骨骼发育，使患者不能直立，疼痛不堪。

砷中毒主要表现为皮肤损伤、周围神经病变，重者发展为皮肤癌。砷在中国地下水中分布较广。据现有资料估计，中国因饮用水中氟、砷超标而使健康受到影响的人数可能超过2000万。

潜在的有机污染

几乎所有的水质专家都认为，当前饮水安全的最大隐患来自有机污染。饮用水中有机污染的来源十分广泛，包括工业污染排放、化肥农药等农业污染以及人类的日常生活。

这些有机污染物不仅潜在危害巨大，而且更糟糕的是，它们很多都能躲过传统自来水净化工艺的处理，大摇大摆进入人体内。

比如，当松花江水受到苯类化合物污染时，当地的自来水厂根本没有净化措施对水源中的这类有机物进行处理，进而导致数百万居民饮水出现困难。

事实上，目前对付有机污染，技术上并不存在障碍。中国科学院环境水质学国家重点实验室研究员强志民说，活性炭吸附、膜过滤等都可以有效去除饮用水中的有机污染物。但关键是，人们首先需要建立这些有机污染物存在的意识。