南水北调东线工程主要利用京杭运河及其平行河道延伸扩挖，兼顾调水、航运、防洪、排涝、灌溉等多种功能和效益。随着经济快速发展，京杭运河水上运输日趋繁忙，南水北调东线工程实施以后，京杭运河又被赋予向北方输送生产生活用水的功能。目前，运河水上交通运输活动所产生的油废水、冲洗船舱（甲板）污水、生活污水、垃圾及粪便等污染物直排现象依然存在，航运事故也偶有造成一些污染，影响了东线水质的改善。

       通知要求，江苏、山东两省有关部门要进一步推进船型标准化进程，逐步实现污染物船内封闭、收集上岸，同时，要科学规划、合理布局南水北调东线京杭运河段港口建设，整合现有港口岸线资源，统一规划规模化、集约化、环保型的现代化公用港区，有条件的新建作业区尽量远离调水主通道。建立船舶污染物接收处理和运营管理机制，确保已建的船舶垃圾和污（油）水回收站正常运转。

       通知强调，两省要加强船舶防污设备日常检查，建立健全《南水北调东线京杭运河段船舶污染事故应急预案》，加快建设船舶污染防治应急体系，提高危险品船舶事故应急处置能力。

       通知还指出，两省要根据南水北调东线京杭运河段水污染综合治理工作的实际情况，尽快研究提出有关航运水污染防治设施建设方案，经国务院有关部门研究论证后，纳入《京杭运河航运综合治理发展建设规划》。