形成对河流生态系统胁迫的主要原因有两个方面：一是自然水文条件的改变；二是河流自然地貌特征的改变．自然水文条件的改变指水量的减少，水质的恶化以及自然水文脉冲式周期被人为平均化的调度方式所代替．河流自然地貌的改变主要指闸坝引起河流的非连续化，堤防妨害了河流的侧向联通性，河流的直线化改造和硬质护坡等，这些因素都使生物栖息地多样性受到不同程度的影响，其后果是生物群落多样性的下降，河流生态系统的退化．近年来我国水利部门已经开始关注河流生态建设问题，主要着眼点是改善河流水文条件，如实施调水行动拯救生态系统严重退化的河流生态系统．对于水利水电工程引起的生物栖息地退化，尚未引起足够重视．对于新建工程，至今仍然延续传统设计方法，河道的直线化改造设计以及硬质护坡还作为常规技术普遍采用，在设计中也少有考虑生态补偿问题．对于大型水利水电工程的流域范围的生物监测还没有提到议事日程．枢纽工程的调度工作兼顾鱼类和其它生物生存问题还没有引起重视．
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河流生态建设的目标和重点．河流生态建设的目标是恢复生态系统的健康和可持续性．健康是指现状，可持续性是指生态演替过程朝不断完善的方向发展．河流生态恢复的着眼点是恢复生物群落多样性，主要指群落的组成，结构和功能的多样性．我国一些地方开展的河流生态建设工程着眼于河流岸坡绿化，还没有认识到河流生态系统是一个由鱼类、鸟类、哺乳动物、无脊椎动物和昆虫等等动物和水中及岸边植物共同组成的食物网的复杂结构．
河流生态建设的重点有两项：一是生物栖息地建设；二是河流自然水文条件的改善．对于水文条件改善问题，近年来我国水利界开展了不少讨论和开展若干示范项目，比如最小生态需水量问题、河湖治污、改善生态调水行动等．其中，对于改善水库调度方式适应珍稀鱼类生存等，尚未见有研究报道．河流生物栖息地建设问题，无论是对河流管理者或是研究者来说，都是一个新课题．所谓栖息地建设主要是恢复河流形态的多样性，保持河流的婉蜒，在河流纵向和横向都保持多样性，防止渠道化．另外要保持河流的纵向连续性和侧向联通，创造生态系统的物种流、能量流、营养物质循环以及生物竞争的条件．在这些方面需要开展示范工程研究，结合我国的实际情况，积累经验，逐步推广．在规程规范的修编中要逐步加入生态工程技术内容，比如在河流及渠道护坡设计规范中增加生态型护坡这种类型．
生态系统是否是健康的，需要建立完善的评估体系，评估工作的基础是长期、完整的水文和生物监测资料．因此生态建设的基础工作是建立生物监测系统网络．
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发挥生态系统自组织功能，进行适应性管理．生态工程的设计理念与传统工程设计方法不同，传统设计方法是确定性设计，比如大坝设计．但是生态工程要充分发挥生态系统的自组织功能，靠自然力恢复生物群落．可以说，生态工程能否成功一半在人力，一半在自然力．人的作用在于为生物群落繁衍栖息创造必要的条件．基西米河的恢复工程的实施即安照溯，j一示范—试验—主体工程施工这样的程序．从试验阶段的钢板桩堰截流方案实施后，进行了跟踪式的生物监测和水文监测，根据监测数据评估项目执行中生物群落多样性与河势变化，调整了原规划设计，决定采取长距离填死人工运河设计方案．
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河流生态系统的美学价值也是一种生态资源．近年来，我国沿海城市结合河道整治开展城市园林景观建设，注重河流的美化绿化，为居民的休闲创造了新环境．但是，当前的倾向，一是注重园林景观效果较多，重点放在河流岸边的绿化，而对河流生态整体恢复考虑较少；二是发掘历史人文景观较多，建设了大量楼台亭阁和仿古的建筑物，而对于发掘河流自然美学价值较少涉足．特别是继续采用浆砌条石护岸和几何规则断面，使河流的渠道化进一步加剧。实际上，河流生态系统的一项重要的服务功能是其自然美学价值．假日里，生活在喧嚣城市的人们到自然状态河流中去休闲，用身心去体会河流的美学价值，反映了人类在长朋进化过程中对于大自然的一种心理眷恋．河流的生态建设应尽可能恢复河流的自然状态，恢复生物群落的多样性，发掘自然河流内在的美学价值，使人们在自然状态的河流享受与自然和谐的乐趣．