城市污水处理厂建设
全市已建成杨府山中心片污水处理厂、经济技术开发区污水处理厂和平阳昆鳌污水处理厂三座，共计处理能力28万吨/天；启动建设污水处理厂九座，累计日处理能力41.8万吨。其中，瑞安市污水处理厂通水试运行；泰顺县污水处理厂、永嘉县瓯北污水处理厂进入实质性施工阶段；文成县污水处理厂完成主体工程；洞头县污水处理厂开始桩基施工。
温瑞塘河治理
坚持“治河关键在治水、治水关键在截污、截污关键在实效”的治河思路，2006年新增投入5.8多亿元。启动塘河整治规划编制，通过截污纳管、河面保洁、生态调水、联合执法和驳坎绿化等治河工程建设，塘河黑臭现象得到一定程度的遏制，黑臭时间缩短、范围缩小，水质逐步改善，河岸绿地不断扩大，塘河的生态环境也有所好转。
积极推进清洁生产
清洁生产是现阶段对循环经济理论的具体实践，将污染的末端治理变为全程控制，实现生产过程的“节能、降耗、减污、增效”。近年来，我市清洁生产工作全面推进，进一步扩大清洁生产范围，规范清洁生产审核，提高审核质量。至2006年底，全市已有98家企业开展清洁生产工作，其中有46家通过清洁生产专家的现场审核验收。