三峡库区水环境保护是一项涉及面广、影响因素多、复杂的系统工程，也是目标明确的应用型项目。
迄今为止，围绕三峡库区的水环境保护已开展了不少研究，但这些研究课题较分散，缺乏整体性和系统性；而且，由于三峡工程对库区水环境影响的前期研究不足，水污染防治规划与研究工作不很协调，针对三峡库区的水污染防治规划以及提出的各项工程措施缺乏充足的科学依据，具有一定的盲目性。
因此，在总结以往研究工作的基础上，有必要进一步开展三峡水库水环境保护研究。特别应在国家层面对库区来水及本底的水质控制、管理规程，污染控制工程技术等进行研究，以保护三峡水库的水质安全，使库区水质总体达到国家Ⅱ类水域要求。