水资源管理一体化在客观实施上具有多层次性。如区域水量与水质管理的协调统一，流域管理与行政管理的协调统一、水资源管、供、用和治理协调、水资源利用和湿地保护统一，水资源地表与地下水—
降雨联调，水资源开发利用与森林保护相相统一，区域产业结构的调整和布局充分考虑水资源承受能力等等。
管理上的一体化，其中起重要作用的是机构协调和目标的一体化，其要求有关部门管理协调统一，部门之间必须拧成一股绳，协同作战，不能各自为政。水资源管理涉及众多部门，例如，节水农业是一个系统工程，涉及到农业、水利、科技、气象、城建、环保、宣传、计划和行政部门等众多部门，单靠某一部门开展节水农业的发展是难以实现，如果各自为战，难以形成合力发挥最大效益，效率低下，而且造成国家财富的损失，必须通过有关部门的大力协作来完成。
从效益上来看，水资源管理一体化最终目标是水资源开发利用必须达到经济效益、社会效益和生态效益的协调统一，其效益衡量尺度必须具有较大。如充分利用当地当地的降雨资源，从局部上来考察，可能提高了水的利用效率，具有较好的社会效益和经济效益，但从整个流域的角度来认识，假设流域的各个区域皆以留住当地水资源为己任，流域水资源地表径流会发生大的改变，甚至导致大江大河的断流，引起更大的生态环境问题。所以，充分利用当地水资源是以流域可承受能力为极限，是有条件和限制的。对于大空间的水资源一体化必须通过政府的调控来实现，区域是无法来完成的，特别是在随着社会主义市场经济的逐步完善，各个区域皆以经济效益为最终目标条件下，政府的水资源管理一体化宏观调控功能更应该加强和完善。
3.3、建立高效有序的水资源管理机制
水资源管理一体化，必须有相应的管理机制作为保证，建立高效有序的水资源管理机制，是解决21世纪水资源安全不可或缺的重要途径。
目前，我国水资源管理机制不合理，造成水资源开发利用出现许多问题，仅以农业水资源开发利用为例，存在着主要存在以下问题：（1）机制失灵，水资源短缺与水资源浪费共存；（2）现行体制和政策难以形成有效的节水机制，管理单位失去节水的积极性，不利于节水，甚至鼓励多用水；（3）灌溉工程老化，仅以渠道工程老化为例，在被调查的373座渠首建筑物中，完好的仅占4%；（4）过度超采，生态环境恶化，出现大面积地下漏斗，地面沉降或裂缝，黄河断流，海水入侵等；（4）水利工程管理单位收不低支，举步维艰。为了21世纪水资源安全，水资源管理机制必须有一个大的突破。
首先，必须将将节约用水、保护水资源作为一项基本国策。我们必须向实施计划生育国策那样来实现这一国策。在全社会形成节水和保护水资源风气，把它作为全民的行动，与社会经济可持续发展效益结合起来，要坚持不懈，无论产业结构布局和调整，还是各项政策的制订和实施，必须充分考虑水资源的制约因素，建立节水型社会。
其次，在管理方面，改变原有的管理方法，由供给管理转向需求与供给管理有机结合的管理，进而逐步实现需求管理。
第三，改革现行的行政管理体制，实施“事企”剥离，其目标是：在水利行政部门的宏观指导下，真正做到产权清晰，权责明确，建立用户参与管理决策的民主管理机制，如“经济自立灌排区”水管理模式。
第四，制定《节水法》，依法促进节水型社会和水管理机制的转变。通过法律途径规范节水型社会的建设和高效水管理机制的形成，是以法治国的组成部分之一，也是节水得以顺利发展的前提和方向。根据我国水资源实际情况，应该在有关法律基础之上，尽快制订《节水法》。该法是一项综合管理法，对节水有关工作予以规范，其调整范围为高效利用水资源等有关活动。
3.4 、充分重视水资源战略储备及相应技术的技术贮存
上文已经论述到，21世纪我国面临着严重的水量与水质的危机，为了应付这种沉重的危机，我们必须做好水资源后备战略储备及相应技术的技术贮存。
作为后备的战略水资源，最主要的是海水利用、调水、大气水的开发。
海水是战略后备水资源基地，具有“取之不尽，用之不竭”特征，在我国水资源日益紧张的情况下，充分利用海水和向大海要淡水成为一条必由之路。早在８０年代，全球已建成７５３６座海水淡化厂，特别是淡水资源奇缺的中东地区，现已把海水淡化作为提供淡水的唯一途径。沙特８０年代建立了第一个大型海水淡化联合企业，目前现已发展２３个大型现代化工厂，淡化水量也由开始的０．２２７亿升淡化水增加到现在２３．６４亿升，基本解决了长期困绕的淡水问题。目前我国沿海城市一半以上缺水，海水淡化和海水利用应作为解决沿海和岛屿水资源不足的重要途径和方法之一，应该做好相应的规划，并进行海水资源开发利用研究和实践，在充分吸取国内外经验基础上，设计和建造适宜于我国需求的海水淡化系统。
调水是解决水资源分布不均衡的重要手段之一。“南水北调”是一项战略性工程，从长期来看，是必然实现的，只是选择最佳时间问题。我国另一个具有战略意义的水资源在西南诸河，西南诸河具有丰富的水资源，可以通过适当的方法来调控，“大南水北调”工程设想是值得考虑和探讨的。
大气水的开发利用是解决水资源危机的另一条途径。国际上自1946年首次实施人工降雨成功以来，至今技术逐步成熟，积累了一定经验，我国也开展了一定工作，如1995年河北开展的人工降雨取得了显著的效益，据测算，投入和产出效益比在1：30以上。因此，我国应该采取一定措施，从战略的角度重视大气水的开发利用，从全国的角度制定大气水开发利用规划，研究大气水的开发利用对地表径流及生态环境的影响，开发投入低、产出高的新技术。
由于后备水资源开发利用难度较大，技术要求很高，所以，我们应该从讲政治和战略的高度，加强有关技术的研究和贮存，否则，难以支撑21世纪水资源需求。
3.5、面向国内国际市场，适当开展水资源贸易
市场是资源配置的重要手段，向国际、国内市场要水资源，并且适当开展水资源贸易，是解决21世纪水资源的重大方略之一。
对于国内市场，主要包括两个方面，其一是拉动经济杠杆，建立节水型经济激励机制，包括补偿奖励机制，国家或政府根据节水的实际情况，给予供水单位适当的补偿奖励；惩罚奖励机制，对于完成节水指标的用户给予适当的奖励，对于没有完成的用户，给予适当的惩罚，奖励与惩罚相结合；水权交换机制，研究水权的理论和可操作性的交换机制，通过市场的交换，实现水资源的有效分配。其二是建立科学的水价体系，科学的水价体系是水利经济良性循环的重要保证，也是合理利用水资源的调解器。以水价改革为突破口，建立良好科学的水价体系，主要包括：制定符合社会主义市场经济发展规律的《水价办法》；按供求关系调整水价，实行动态水价和超计划累进加价制度；建立科学的水价体系，确保地表水、地下水及降水联调机制顺利实施。
对于国际市场，由于水资源运输的不经济性，开展水资源直接贸易存在一定困难，可以通过间接的办法来实现，例如多出口消耗水量的产品，在进口时，多进口消耗水量大的产品，通过这种方式，便可以达到水资源的国际贸易目的。实际上，目前我们也有条件实施这种贸易，如通过粮食进口渠道来实现。从全球来看，我国粮食生产并不具有优势，而且粮食是水资源耗用大户，我们完全可以在不威胁国家粮食安全的条件下，多进口一些粮食，剩余的水资源可以实施“农转非”方式实现高效利用。