良好的饮用水和环境卫生是人类健康生存必需的基本条件之一。农村饮用水安全与环境卫生状况是反映农村社会、经济发展和居民生活质量的重要标志。胡锦涛总书记对饮用水安全工作作出重要批示，强调“要把切实保护好饮用水水源，让群众喝上放心水作为首要任务”。温家宝总理在2005年政府工作报告中明确提出：“我们的奋斗目标是，让人民群众喝上干净的水、呼吸清新的空气，有更好的工作和生活环境”。因此，改善农村饮用水和环境卫生设施状况是社会主义新农村建设的重要内容，是体现以人为本、构建和谐社会的必然要求。它关系到亿万农民身体健康。

目前，我国农村饮用水和环境卫生状况形势依然严峻。全国尚有3亿多农民没有饮用安全卫生水，无害化卫生厕所普及率只有31%，大多数农村无污水处理设施，生产生活污水直接排放，生活垃圾没有规范的收集、清运、处理；农民不良生活方式和不卫生行为甚为普遍，这些既影响了农村的环境卫生质量，造成了部分地区传染病、地方病和人畜共患疾病的发生与流行，又阻碍了农村文明程度的提高。

全国爱卫会和卫生部曾于1983～1988年组织开展了全国生活饮用水水质与水性疾病调查工作，出版了《中国生活饮用水地图集》。1991年全国爱卫会和卫生部颁布了《农村实施〈生活饮用水卫生标准〉（GB5749）准则》；1992年我国开始实施农村生活饮用水水质卫生监测工作，经过十余年的努力，初步建立了我国农村饮用水水质卫生监测网络。1987年和2003年先后颁布了《粪便无害化卫生标准（GB 7959）》和《农村户厕卫生标准》（GB19379）。这些工作为我国疾病预防控制策略和措施的制定提供了大量基础资料，为改善农村饮用水与环境卫生状况起到了积极的作用。

自1988年以来，我国农村的饮用水和环境卫生状况发生了很大的变化。由于没有针对这些变化开展相应的调查工作，有关农村饮用水和环境卫生状况的基础数据缺乏。因此，卫生部和全国爱卫会决定于2006年8月至2007年5月在全国范围内开展农村饮用水、改厕、粪便处理、垃圾污水治理现状的调查，并委托中国疾病预防控制中心农村改水技术指导中心（简称改水中心）和卫生部统计信息中心承担这次调查的技术性工作。