由“清水同盟”承担的国家软科学《中国水务行政管理体制研究》课题报告，提出了我国水务行政管理体制改革的几个方案：

　　方案之一：

　　成立国家水务管理委员会

　　在中央层面，由主管水资源与水环境的副总理牵头，以水利部为主体，合并环保总局、建设部、农业部等部委水务行政管理的相关职能部门，成立国家水务监督委员会，主要职责为组织、审定全国水资源规划，负责国家级水法的编制、修订，协调各相关部门在水资源开发与保护中的冲突。

　　在地方层面上，省一级可由主管副省长牵头成立职能相似的水务监督委员会，包含水利、城市供水以及水环境监督局，由于省内不涉及七大水系的流域监管问题，不必成立流域监管部门，但市县一级地方政府由于水资源分配和水污染排放的争执屡见不鲜，因此仍有必要成立省内的河流（湖泊）监管机构。

　　方案之二：

　　成立具有相当权力的流域管理委员会

　　流域管理委员会由国务院授权成立，与水利部、建设部等部平级，职能是在流域范畴内组织、审定流域水资源规划；负责流域相关水法的编制、修订、协调各流域内各地区，各部门在水资源开发与保护中的冲突；实现流域水环境统一管理，包括水量的优化调度，上下游水纠纷的协调等工作。

　　在地方层面上，对于相关河流流经的省份，可设立相关的流域管理机构，管理范围可涵盖省内大的河流湖泊，监督各县市流域污水排放和水利工程情况。县市一级可不设立流域管理机构。

　　方案之三：

　　成立垂直管理的水环境管理体制

　　目前体制下，水环境管理机构隶属于地方政府，影响了环境执法的效率与效果。解决这一问题的一种办法就是环保部门实行垂直管理。