从政府到企业
即使自动水质监测系统广泛安装在所有可能的污染点上，它们能不能起到真实的作用，还有赖于当地企业和监管部门的配合。
邱彤宇就指出，现在的法律法规要求污染企业安装并且启用水质监测仪器以防止水质污染的发生，但是这些仪器很可能仅仅是个摆设，谁也不愿意去用这些监测设备，因为谁也不想看到产生对自己不利的数据。
在很多地方，现在对污染企业的要求是必须每天4次通过自动水质监测系统向当地的环保局回报监测结果。作为应对上面政策的“对策”，会产生污染物的企业只要改变每天的排污时间，很容易就可以避免被自动水质监测系统发现污水的真实数据，而且，也无法确保污染企业会去维护那些自动水质监测系统。
根据国家环保总局（现在的环境部）于2005年发布的管理条例，没有在规定的时间内安装自动水质监测系统的企业，可处以1万元以下的处罚；对于损坏监测设备、篡改监测数据的企业，可处以10万元以下的处罚。这些钱远远少于建造和维持一个污水处理设备所需要的花费。显然，从经济角度而言，即使排污企业的违规行为被发现，它们的损失也并不大，违法受到的处罚不足以让它们吸取教训。
要解决这个问题，有必要将自动水质监测系统委托给一个第三方机构建立和维护。这个第三方机构必须独立于环境监管部门和污染企业之外，而且拥有一定的专业资格。目前，已经有了这样的第三方机构，比如总部设在广州的广东新创建环境投资公司已经在花都区成功建立了自动水质监测体系。然而，该公司的首席专家周晓嵘诉苦道：“建立这样一个可靠的系统已经没有问题。问题在于用来更新试剂和调节仪器的资金远远不够，这些资金目前只能来源于当地的环保局。所有人都会对你说监测环境变化的重要性，但是没人想为这个工作买单。”
从出现问题到解决问题
在我国，与水质监测相关的部门，除了环保局之外，还有承担着河流水质监测的水利部，以及负责城市水资源利用和城市污水灌溉的城乡建设部。邱彤宇认为，如果这些部门紧密合作，共享数据，就能大大提高自动水质监测系统的效率和可信性。打个比方，在某地的污染企业非法排放了废水，并通过隐瞒数据使得当地的环境监管部门没有得到信息，但是它们排放的废水，一定会影响到附近河流的水质，当地的水利监察部门将会发现这个异常数据。如果水利监察部门能及时把这个情况反馈给当地的环保局，污染企业绕过监测仪器偷排污水的行为就有可能被抓住。
中国水利部水质监督检验测试中心的刘晓茹工程师在谈到这个问题时说道，我们也很希望能和其他的水质监察部门分享和分析数据，但是，要从环保局拿到我们需要的数据不是个容易的事。具体怎么解决这个问题，有待于上级领导的协调。
北京公众与环境研究中心的马军则寄希望于透明的监管体制和强大的公众压力。如果当地的民间社团和一些专业组织，能从环境监督部门的网站上获得所有的自动监测数据，再结合它们自身的观察和分析，哪些数据是否作假，就一目了然了。
自然环境的恶化，污染物质的排放，直接影响到了当地人民群众的生活和健康。为了一个好的环境，每个人都会行动起来，将环境监督部门所得到的数据和实际的环境变化相联系，阻止偷排污水隐瞒数据等问题的出现。基于这种压力，自动水质监测系统将更有效地发挥对潜在的污染企业的监督；而对于环保部门，也不会让违法的排污企业成为“漏网之鱼”。
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全国中长期科技发展十六项专项之一、中国十六大中长期重点专项 - 中国水体污染防治重大专项发布网站
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