红虫是一类体色为红色，主要包括终生底栖性的颤蚓类和阶段底栖性摇蚊幼虫等，肉眼可见，最大的个体可达数厘米长。前者属环节动物门寡毛类，后者是昆虫摇蚊的幼体阶段。颤蚓类为水生，体型较小，约有1-150
mm。颤蚓类在水体中普遍存在，其种类和数量随污染程度的增加而增加。摇蚊幼虫为蠕虫状，身体一般为圆柱形，长2-30
mm，对环境适应性极强，几乎在任何水域中均可见到。虽然红虫不是寄生虫，不会对人体有直接危害，但它本身带有的细菌及其排泄物，都能引起人的胃肠不适，导致人出现腹泻、恶心、呕吐等症状。
水中藻类大量繁殖，对水的生物安全性有很大影响，特别是蓝绿藻，是一个重大的生物安全性问题。蓝绿藻中有些种类能产生藻毒素，例如淡水中的微囊藻属、颤藻属和鱼腥藻属，以及含盐水中的节球藻属产生的肝毒素。鱼腥藻属、颤藻属、含珠藻属、柱孢藻属和束绿藻属中的某些种类可产生神经毒素。还有多种藻类可产生脂多糖毒素等，这些都会对人体健康造成很大危害。此外，藻类大量繁殖还会产生臭味。
在对病原微生物的监测中，通常用微生物污染指示菌来代替种类繁多的病原微生物。饮用水水质标准中的常规微生物学指标也有局限性，以总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希氏菌和菌落总数这些微生物学指标主要是针对水介烈性细菌性传染病的，不能涵盖所有的致病性细菌和病毒。菌落总数指标中要求水中不超过100
CFU/mL就认为饮用水是安全的，这不能完全限制水中致病细菌对人体健康的影响。
尽管还有一些其他的指示生物可以用来表述，例如可作为粪便污染指示菌的粪链球菌群，与人类肠道病毒相似的肠道菌噬菌体可用来指示肠道病毒污染；但对于种类众多、生物特性各异的病原细菌和病毒来说，仍远远不够。
在各种细菌中包括许多条件致病菌，这些细菌对某些敏感人群是可以致病的，例如军团菌属、气单胞菌属、铜绿假单胞菌、分枝杆菌属等。所以，符合现行饮用水微生物学标准的饮用水生物安全性只是相对的。如果条件适宜，条件致病菌就能进行繁殖，使其在水中的浓度增大，致病的可能性也随之增大。
在饮用水含有的这些微生物中，尚存在未被发现的致病因子。有资料表明，美国每年暴发的若干水介流行病中，约有一半未找出致病原因，说明仍有新的致病因子未被发现。军团菌属就是于20世纪末由于暴发了军团病才被发现的新致病因子。所以，水不具有生物稳定性，无疑会使饮用水的生物安全性下降。
饮用水的生物稳定性对水的生物安全性非常重要，不具有生物稳定性的水在输送和贮存过程中会有微生物增殖现象；水中的微生物愈多，水的生物安全性便愈低，是又一个重大生物安全性问题。
现在的水质标准和指标、水质分析检测技术、生物检测技术等还不足以全面地了解和掌握水中致病微生物种类和变化情况，现有的饮用水处理工艺不能完全去除这些微生物，也不能保障饮用水的生物安全性，因此亟待发展和采用新的饮用水处理技术和工艺。
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