许多人担心，向北方输水无法解决中国水资源浪费和水资源使用率低下的问题。美国外交关系协会(Council
on Foreign Relations)亚洲研究主任易明(Elizabeth
Economy)说，即使这一工程上马兴建，中国政府几十年后可能会发现自己仍然面临缺水问题。易明着有一本探讨环境恶化的书《河水变黑了》(The
River Runs Black)。
她和其他一些人认为，解决之道应该是鼓励节水和改善对供水系统的管理。
在中国政府内部有些人似乎也同意这一观点。建设部副部长仇保兴说，仅仅使中国城市现有用水量的三分之一实现循环再利用就能抵得上南水北调工程的全部输水量。他上个月对官方的《中国日报》(China
Daily)说，以引水方式来解决缺水问题会打乱水资源的自然循环。
而人权活跃人士则担心，对引水渠道沿线居民的强制动迁有可能重新引发三峡工程百万大移民工作中出现过的政府滥用职权问题。