在水利部及省水利厅的支持下，项目组于2002年首先在张家港市进行了水资源综合规划的开发研究。该市成立了以市长为组长，各局领导组成的规划领导小组，具体领导规划的编制，工作组设在张家港市水利（务）局，由局长担任组长，与河海大学项目组共同具体承担项目的编制，通过一年半的工作，于2003年通过了部省级验收。经过政府批准，成为全市贯彻执行的一个市级规划，政府对水的管理从此走上有序的道路。此后，常熟市。太仓市及江阴市也陆续完成了此项工作，在解决区域水环境治理的基础上，为区域水资源统一管理和太湖流域富营养化全面的控制做出了贡献。
该项目研究成果特色主要有：根据流域富营养化控制机理的研究成果，进行了区域水资源保护及水环境治理规划的研究，树立了流域控制与区域控制相结合的治水思路；克服了就水论水的治水思路，从流域面上进行根本性的污水控制；解决了长期以来各部门各自为政、“九龙治水”的大难题，统一了治水理念和决策控制；建立了统一的、有序的水资源管理体制，确保区域经济社会的可持续发展；树立了建设“人与自然和谐共处”社会的新理念。其创新点主要是首次将流域分为陆域、复杂平原河网、湖泊三部分，并将三部分有机耦合进行污染物迁移转化机理的整体研究，在此基础上进行太湖藻类爆发机理研究和太湖富营养化控制原理研究。