太湖水难以按计划“变清”，国家投入上百亿元的治理资金还没有给太湖流域近4000万居民带来记忆中清洁的湖水，原因错综复杂，但最根本的一点，就是治理措施跟不上长三角地区迅猛的社会经济发展，也就是说，水消耗量越来越多，而对工农业和居民生活所排放的污水、废水的治理措施和治理标准严重滞后。
太湖是我国第三大淡水湖泊，具有供水、防洪、灌溉、航运、养殖和旅游等多种功能，是太湖流域水生态系统的中枢。由于流域社会经济的高速发展，导致水环境问题日益突出。太湖水质自上世纪80年代起，平均每10年下降一个等级。2002年除东太湖和东部沿岸带符合地面水环境质量标准Ⅱ、Ⅲ类外，其余湖区全部劣于Ⅳ类，西北部湖区的五里湖、梅梁湖和竺山湖则均为劣Ⅴ类。太湖水体的营养盐浓度不断提高，自2000年起，全湖平均达到了富营养水平，以蓝藻水华为表征的富营养化现象愈演愈烈。由于西北部湖区水体的污染与富营养化程度逐年加重，导致湖体的生态系统急剧退化，水生高等植物快速减少，除沿岸尚存芦苇间断分布外，沉水植物已基本消亡，蓝藻等浮游植物疯长。鱼类从上世纪60年代的160种，减少至目前的60－70种，洄游性鱼类几乎绝迹。底栖生物物种减少，耐污类种群则年趋增大，生物多样性下降。湖泊底泥沉积污染逐年加重，以致成为湖体的二次污染源。
太湖水体污染严重影响了当地饮用水厂的供水质量和周边城市水体的水环境功能，已成为威胁和影响当地居民饮用水安全和流域社会经济持续发展的重大隐患，是国家迫切需要解决的主要水环境问题之一。
太湖流域的水污染问题引起了党中央和国务院的高度重视，2001年8月国务院批准的《太湖水污染防治“十五”计划》中明确提出：“明显改善梅梁湖、五里湖重点水域水质”是“十五”计划的重点之一。2001年9月在江苏召开的“太湖水污染防治第三次工作会议”上，温家宝总理指出：“十五”期间是太湖污染治理的关键时期，到2005年底，太湖水质要有所好转，要逐步恢复太湖良性循环的生态系统。
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