1998年6月，国家环保局升格为国家环保总局，从副部级变成了正部级，仍然作为国务院直属机构。
“环保工作需要协调各个部门，原来国家环保局作为副部级，去跟各个部门提要求的时候，人家根本不理它，这种情况直到1993年全国人大环境与资源保护委员会成立后才有所改变。”骆建华表示，“到了1998年国务院机构改革，力度非常大，很多老部门如冶金部、化工部都被撤销了，林业部被降格为国家林业局，只有国家环保局升格为国家环保总局，成了唯一一个升格的部门。”
不过，公众与环境研究中心主任马军告诉《华夏时报》记者，虽然升格为正部级，但国家环保总局在国务院各个部门中仍然比较弱势。最典型的例子是，2005年吉林爆发松花江水污染事件，吉林石化公司双苯厂一车间发生爆炸，约100吨苯类物质（苯、硝基苯等）流入松花江，造成了江水严重污染。虽然事故的主要责任方是吉林石化公司双苯厂，但最后问责的时候，相关行业主管部门和安全部门事情不大，时任国家环保总局局长解振华却因此不得不辞职。
“那个时候正好是中国高速发展的时期，各个方面都能给环保部门施加很大压力，环保工作非常困难。”马军说。
到了2008年，国家环保总局升格为环保部，正式成为国务院组成部门。如今，环保部又变身生态环境部，整合加入国家发改委、国土部、水利部等6个部门的环境保护相关职责，统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责。
“组建新的生态环境部，将把原来分散的污染防治和生态保护职责统一起来，是推进生态环境领域、生态文明建设领域、治理体系现代化和治理能力现代化的一场深刻变革和巨大进步。”生态环境部首任部长李干杰如是说。
在骆建华看来，环保机构之所以能在20年间升格了三次，职能不断得到加强，与中国的环境问题越来越突出有关，也与中央领导与高层对环保问题越来越重视有很大关系。
“环保机构的职能从来没有达到现在这样的强度，可以说，现在的生态环境部已经是新中国历史上职能最强的环保机构了。”马军说。
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