2017年生态环境部审议通过了《排污许可管理办法（试行）》，已于2018年1月10日公布，且自公布之日起施行。2019年8月22日经《生态环境部关于废止、修改部分规章的决定》（生态环境部令第7号）修改，删去第四十四条申请变更排污许可证应当提交材料第三项“排污许可证正本复印件”和第四十七条申请延续排污许可证应当提交材料第三项“排污许可证正本复印件”。
2021年1月24日，国务院总理李克强签署国务院令，公布《排污许可管理条例》，自2021年3月1日起施行。
那么，国务院2021年公布的《排污许可管理条例》与生态环境部2017年审议通过的《排污许可管理办法（试行）》有何差异？欲知详情，请看下文分解。
《排污许可管理条例》颁布实施前，排污许可证的内容、申请与核发、实施监管、法律责任等以《排污许可管理办法（试行）》为依据，但二者在法律地位、规定内容等方面有诸多的不同。
《排污许可管理条例》是国务院颁布实施的行政法规，《排污许可管理办法（试行）》是生态环境部颁布实施的部门规章。
行政法规是指国务院制定并且颁布的规范性文件，它的法律地位以及效应是仅仅只次于宪法和法律的，部门规章则属于行政性法律的规范性文件，与其他性地方法规一样需要配合宪法，法律以及行政法规中的内容，不能与它们相冲。
行政法规的法律效应是高于部门规章的，由此可知，《排污许可管理条例》的法律地位是高于《排污许可管理办法（试行）》的，两者内容不一致的内容应按照《排污许可管理条例》执行。
《排污许可管理条例》属于为执行其上位法《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国大气污染防治法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《固体废物污染环境防治法》中排污许可的相关规定而制定的行政法规，从加强排污许可管理角度，明确排污许可的具体办法和实施步骤。
《排污许可管理办法（试行）》中的“法律效力”仅是《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国水污染防治法》《中华人民共和国大气污染防治法》中相关法律规定的集成，并未对这些上位法未提出的事项规定相应的法律责任。
《排污许可管理条例》的法律效力高于《排污许可管理办法（试行）》。
《排污许可管理办法（试行）》中指出：对污染物产生量大、排放量大或者环境危害程度高的排污单位实行排污许可重点管理，对其他排污单位实行排污许可简化管理。
《排污许可管理条例》中指出：污染物产生量、排放量或者对环境的影响程度较大的排污单位，实行排污许可重点管理；污染物产生量、排放量和对环境的影响程度都较小的排污单位，实行排污许可简化管理。
《排污许可管理条例》对重点管理的定义进行了修正，并且简化管理内涵进行了确定和明晰。
《排污许可管理条例》中指出：国务院生态环境主管部门负责全国排污许可的统一监督管理。设区的市级以上地方人民政府生态环境主管部门负责本行政区域排污许可的监督管理。
《排污许可管理办法（试行）》中指出：环境保护部负责指导全国排污许可制度实施和监督。各省级环境保护主管部门负责本行政区域排污许可制度的组织实施和监督。排污单位生产经营场所所在地设区的市级环境保护主管部门负责排污许可证核发。地方性法规对核发权限另有规定的，从其规定。
《排污许可管理条例》对排污许可申请的审批权限作出调整，设区的市级及以上人民政府生态环境主管部门具有审批权，县区生态环境分局依法不具有排污许可审批权。
污染治理设施编码
《排污许可管理办法（试行）》中规定：环境保护部对实施排污许可管理的排污单位及其生产设施、污染防治设施和排放口实行统一编码管理。《排污许可管理条例》未对此内容作出相关的规定。
排污单位申请排污许可证时，此条内容应按《排污许可管理办法（试行）》执行。
自行监测方案
《排污许可管理条例》明确排污许可证的申请材料中需要提供：自行监测方案，自行监测方案的监测点位、指标、频次等符合国家自行监测规范，未规定自行监测方案具体内容。排污单位应执行《排污许可管理条例》规定，自行监测方案编制按照《排污许可管理办法（试行）》规定执行。
《排污许可管理条例》增加以信函方式提交排污许可证申请表；不再要求《排污许可管理办法（试行）》中同时提交电子申请表和印制的书面申请材料。
《排污许可管理条例》明确对排污许可证申请表的一般规定，取消《排污许可管理办法（试行）》中提交承诺书的规定，对申请材料的特殊规定在第九条中针对不同情形进行明确。
排污许可证有效期
《排污许可管理条例》规定：排污许可证有效期为5年。排污许可证有效期届满，排污单位需要继续排放污染物的，应当于排污许可证有效期届满60日前向审批部门提出申请。审批部门应当自受理申请之日起20日内完成审查；对符合条件的予以延续，对不符合条件的不予延续并书面说明理由。
《排污许可管理条例》针对排污许可证有效期、延续及变更事项进行了明确；统一规定了排污许可证的有效期为5年，不再区分《排污许可管理办法（试行）》中首次发放3年和延续换发5年的有效期的规定。
此外，《排污许可管理条例》对延续排污许可证的时限要求提前了；从《排污许可管理办法（试行）》应当在排污许可证届满三十个工作日前向原核发环保部门提出申请改为60日前向审批部门提出申请。
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