在上万起的行政公益诉讼案件中，绝大多数是检察建议等诉前程序，以督促地方整改，最终没有与行政机关“撕破脸”而起诉。
这被看作是中国检察系统公益诉讼的独特优势。
“为什么我们不提起诉讼，”2019年2月14日，在国新办举行的中国生态环境检察工作新闻发布会上，最高检副检察长张雪樵曾表示，“关键是通过检察建议已经把问题解决了，公益得到了有效保护。”根据最高检数据，经诉前程序行政机关整改率达到97%。
“政府很怕当被告，所以在接到检察院的检察建议后，一般会积极履行整改。”丁墨说道。
中国绿发会副秘书长马勇认为，这反映出检察系统公益诉讼属于“体制内”监督的本质。“检察院自身有威慑力，检察建议也有一定强制力，地方政府必须重视；但另一方面，检察院要去诉讼本地政府，难免会受地方利益的掣肘。”
这一观点也得到了业内佐证。2018年5月，在河南检察公益诉讼研究院主办的微信公众号“公益诉讼研究”上，国家检察官学院河南分院院长田凯等人撰文称，检察院提起环境公益诉讼仍面临诸多阻力，不少基层党政机关“对这项工作还存在戒备心理，不仅不支持甚至采取种种阻挠和干预……不少基层法院不配合、不支持，依然以传统观念看待人民检察院在提起公益诉讼中的身份，甚至对于人民检察院提起的环境公益诉讼不立案等”。
丁墨认为，虽然基层检察院的经费已由省检察院财政直接拨给，独立于地方财政，“但完全与地方一刀两断是不可能的”。另一方面，地方环境问题往往不是非黑即白的简单问题，需要综合治理。“环境破坏可能涉及该地经济发展的策略，只靠一个诉讼去推翻，恐怕也不行。”
在上述发布会上，最高检也表示在办案当中，检察机关和行政机关观察问题的方法或者标准有所差异。
葛枫发现，目前检察院提起的行政公益诉讼，以行政机关不作为为主，“比如某个镇政府没有履行处理垃圾的义务”，而诉行政机关违法作为的案件较少。这亦涉及此前的困惑监察委成立后，检察院该如何行使行政检察权？
2017年底人民检察院组织法修改，草案中曾有一句：“依法监督国家机关及其工作人员行使职权”。但在终稿中，这句话已被删除。
张雪樵在上述发布会上的回应是，“如果我们在办理公益诉讼案件过程中，发现行政机关的相关人员弄虚作假、故意阻挠，或者是违法行为没有得到纠正，甚至变本加厉，我们会依法向纪委、监委相关部门移送相关的线索。”
参与多起环境公益诉讼案件的律师曾祥斌观察到，在民事环境公益诉讼上，“检察院提起案件的数量多，但被告多是‘苍蝇’，个体户。污染大户这样的‘大老虎’比较少。”此外，检察院不能异地提起诉讼，因而在民事环境公益诉讼领域，也可能同样存在地方保护问题。
作为有多年一线工作经验的第三方，马勇和葛枫都希望能更多地参与到检察院开展的环境公益诉讼中。
根据民事诉讼法和最高检规定，检察院拟提起民事公益诉讼前，应当先依法进行为期30天的公告，有适格的社会组织在公告期间提起诉讼，检察院可以为其提供协助调查、咨询、书面意见等帮助。
一开始，绿发会和自然之友两家组织想尝试参与检察院开展的民事公益诉讼时，都多多少少碰了些钉子。2016年，绿发会欲在中部某市提起民事公益诉讼时，被该市检察院一名检察官质疑：“你是到这里来向我们当地政府要钱来了吧！你们绿发会起诉中要求赔偿损失，不就是要求赔偿给你们基金会的吗？”
马勇表示，随着检察院提起公益诉讼法定流程的完善，类似的尴尬局面已经大大减少。最近，绿发会还接到湖南新邵县检察院的公告，称如绿发会愿意成为一起非法收购售卖穿山甲案件的起诉方，新邵县检察院可以支持起诉。
葛枫则担心，检察院目前仍缺乏支持环保组织做民事环境公益诉讼的动力。因为上级检察院对基层检察院经手的公益诉讼数量有一定指标，“要完成这个指标，检察院就更愿意自己去做公益诉讼的原告，而非做环保组织的支持方。”
丁墨认为，案件数量指标是检察系统公益诉讼开展之初，通过积累司法实践来发现问题、完善制度的举措，但也确实有些基层检察院投机取巧，通过刑事附带民事公益诉讼来完成指标。
有关法律规定，检察院办理的民事公益诉讼一般由市一级检察院管辖，但刑事附带民事公益诉讼则可直接由办理刑事诉讼的当地检察院提起。“县级检察院办理刑事附带民事公益诉讼时，往往不公告直接起诉，环保组织也就没有参与的余地。我个人认为‘刑附民’也应当属于民事公益诉讼，遵守民事公益诉讼的有关规定。”葛枫说。
困扰两家环保组织的还有，民事公益诉讼的公告往往发布在基层检察院的网站上，寻找公告如同大海捞针。葛枫盼望检察院开展的民事公益诉讼能够有一个全国性的公告平台，方便环保组织找到公告进行参与。
马勇注意到，随着检察系统环境公益诉讼的发展，环保组织提起环境公益诉讼的意愿不如前几年积极主动。“希望能出台相关支持鼓励政策。”他建议，应进一步探索、理顺社会组织、检察机关提起的环境公益诉讼与省级人民政府、海洋监督管理部门做原告的生态环境损害赔偿诉讼的区别和联系，并在实务操作中做好协调，避免诉讼“撞车”，甚至争诉的情况。
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